Un grup de 35 veïns dels habitatges propers a l'estació havien presentat un recurs d'empara davant la justícia al·legant que, per inactivitat administrativa, presumptament s'havien vulnerat drets reconeguts en diversos articles de la Constitució. La demanda afectava a l'Ajuntament de Palafrugell i al Departament de Política Territorial i Obres Públiques de la Generalitat.

El tribunal ha desestimat aquest recurs i accepta els arguments exposats per l'Ajuntament. La sentència determina que l'administració demandada va acordar diferents mesures per tal de minimitzar en allò que fos possible la producció de molèsties als veïns, les quals van ser controlades per la Policia Local en quant a la seva realització.

Entre les mesures preses figura la prohibició, en el recinte de l'estació, de la utilització dels clàxons dels vehicles, els quals no poden mantenir el motor engegat innecessàriament; tampoc es pot utilitzar la megafonia exterior. Una altra mesura ha estat la col·locació d'una filera de pilones a la banda de les andanes més properes als habitatges. Així s'impedeix la parada i estacionament dels vehicles en aquesta zona, traslladant els autobusos a l'altre costat, més allunyat dels pisos. A més, s'han habilitat cinc noves andanes a l'exterior d'aquest equipament, allunyades dels habitatges, per al trànsit dels autobusos entre les 6.30 i les 8.00 hores del matí.

Mentrestant, representants de la Generalitat, de l'Ajuntament, i els representants dels veïns dels blocs d'habitatges que han mostrat les seves queixes per les molèsties, continuen treballant per trobar una solució satisfactòria a aquesta problemàtica. Una solució que segons el regidor de Mobilitat, Antoni Rocafull, "a dia d’avui i a l'espera que el Departament de política Territorial ens presenti el projecte de millores de l'estació, sembla molt propera".